1995年聯合國第4屆世界婦女會議通過「北京行動宣言」，正式以「性別主流化」作為各國達成性別平等之全球性策略。「性別主流化」是一種策略，也是一種價值，希望所有政府的計畫與法律要具有性別觀點，並在作成決策之前，對男性和女性的可能影響進行分析，以促使政府資源配置確保不同性別平等獲取享有參與社會、公共事務及資源取得之機會，最終達到實質性別平等。
我國於94年開始積極推動性別主流化工作，以性別統計、性別預算、性別影響評估、性別分析、性別意識培力、性別平等專案小組運作為主要推動工具，而為協助各部會分階段逐步落實性別主流化政策，前行政院婦女權益促進委員會於94年召開第23次委員會議及98年召開第32次委員會議分別通過「行政院各部會推動性別主流化實施計畫」（94至98年）及「行政院各部會推動性別主流化實施計畫」（99至102年），要求各部會依其業務性質，自行擬訂4年之推動性別主流化計畫，並於每年年底提報成果報告至部會性別平等專案小組通過，再提報至行政院性別平等會。
復因「性別主流化」工作之推動及工具之研發涉及跨部會及跨領域專業，為加強溝通協調，前行政院婦女權益促進委員會於96年召開第27次委員會議決議成立「性別主流化支援小組」，並由行政院主計總處、行政院研究發展考核委員會、行政院人事行政總處、財團法人婦女權益促進發展基金會擔任各項工具之主責機關。行政院性別平等處於101年成立後，負責性別主流化政策研議及業務督導，邀集本院性別平等會民間委員、學者專家及各相關機關研商，檢討精進各項工具制度，協助各機關落實推動各項性別平等工作。
行政院至106年底已完成3期（每期4年）的「行政院各部會推動性別主流化實施計畫」，奠定各機關推動性別主流化基礎，並自108年起引導各部會依據性別平等政策綱領，以性別議題為導向加強運用性別主流化工具，並聚焦推動「行政院性別平等重要議題(院議題)」，由各部會納入制定其性別平等推動計畫落實執行。
行政院性別平等處督導各部會定期將院議題辦理情形提報部會性別平等專案小組，並綜整年度成果，提報行政院性別平等會三層級會議機制進行追蹤列管，提升辦理成效。
同時，為協助各縣市政府評估瞭解其推動性別主流化概況，並能有參考作法持續完善其性別主流化工作，行政院性別平等處特撰寫《各縣市政府推動性別主流化參考手冊》，提供各縣市政府推動相關工作之參考。