1995年聯合國於北京舉辦第4屆世界婦女大會，通過「北京宣言暨行動綱領」，正式宣示以「性別主流化」做為行動策略，要求各國將性別平等做為政策主流，以性別議題取代婦女議題。
為推動及實踐性別預算作業，我國曾依89年3月「全國婦女人身安全會議」決議，由前行政院婦女權益促進委員會試行檢視婦女預算編列，惟面臨單一性別為目標之預算額度占整體比率不高，各機關實務上對婦女預算之認定仍感困難，及目標受益者估計不易等問題，該委員會爰於96年11月23日「性別主流化支援小組」第1次會議決議，由行政院主計總處執行推動性別預算。
行政院主計總處自98年編製99年度概算起推動之性別預算制度，係配合該年中央各機關全面實施報院之中長程個案計畫及法律案應辦理性別影響評估之政策，將性別影響評估結果導入預算作業制度，透過「計畫」引導「預算」的觀念，來促使資源有效配置。惟因預算過程納入性別觀點之範圍較為有限，難以反映出各部會在中長程個案計畫以外之整體性別平等推動之資源投入情形。
行政院性別平等處於101年成立後，為協助各部會落實性別主流化，致力研究發展與精進性別主流化各項工具及作法。為期使性別預算制度更加周延完善，改善現行性別預算實施範圍有限、額度估算不夠準確等問題，該處於102年起會同行政院主計總處研議性別預算之操作定義，推動行政院暨所屬各部會修正性別預算試辦作業，經103年至107年試辦完竣，行政院暨所屬各部會於108年籌編109年概算階段正式實施（修正）性別預算作業。
嗣後為瞭解各部會性別預算執行情形及能否達成年度性別平等預期成果，並回應2030年聯合國永續發展目標五「達成性別平等和增能所有女性及女孩」之指標5.c.1「國家有系統地追蹤和分配公共撥款用於兩性平等和賦予女性權力的比例」、「消除對婦女一切形式歧視公約」（CEDAW）第3次國家報告審查委員會對「追蹤性別預算支出」及「公開性別預算計畫實施與影響資訊」之關切，行政院自110年起推動上一年度性別預算執行情形填報作業。性別預算編列及執行情形均由行政院性平處撰擬整體分析報告，並公開於行政院性別平等會網站性別預算專區供社會大眾參閱。